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L'altra isola di grande importanza naturalistica
è l'Isola di Serpentara,
formata da una striscia di costa rocciosa completata a nord da un
gruppo di isolotti detti i Variglioni.
L'Isola si estende per circa 1000 m. di lunghezza e 200 m di larghezza,
parallelamente alla costa, da cui dista circa tre km. Nella parte
più alta dell'isola (54 m.), sorge la Torre di S. Luigi,
costruita nel 1639 e facente parte del sistema difensivo di torri
costiero che gli Spagnoli fecero realizzare a difesa dei pirati
barbareschi; ha un'altezza di 12 mt. e larghezza di mt.12,50, a
differenza delle altre  torri
l'accesso è consentito tramite scala esterna in granito che
conduce al portone principale di accesso.
Viene classificata come Torre Gagliarda, cioè quella
di maggior dimensione, caratterizzata da una sala a volta e sostenuta
da un pilastro centrale e circondata da altri ambienti più
piccoli utilizzati sicuramente dai guardiani torrieri, attraverso
una scala a chiocciola si accede alla terrazza soprastante, dove
venivano posizionate le armi e le munizioni. Ben visibile, anche
dalla costa, si trova in un buono stato di conservazione ed è
visitabile attraverso visite guidate con imbarcazioni.
La vera particolarità dell'isola è rappresentata dalla
sua vegetazione, infatti oltre ad una fitta macchia di ginepri,
lentischi e olivastri, sono presenti circa 140 specie botaniche
diverse, tra cui sette endemismi. Il più raro è sicuramente
l'Helicodiceros muscivorus, presente anche nell'Isola dei Cavoli
e noto anche come Pigliamosche o Serpentaria (nome che deriva appunto
dall'isola). Questa pianta, appartenente alla famiglia delle Aracnee,
è alta circa 60 cm, ed è conosciuta dai botanici di
tutto il mondo per la sua raffinata tecnica di impollinazione. Il
fiore, simile ad una grande tromba di color rosa e ricoperto da
una fitta peluria, emana un forte odore di carne in putrefazione,
attirando di conseguenza vari insetti carichi di polline, i quali
dopo essersi introdotti all'interno del fiore, ne restano imprigionati
per tutta la notte. L'indomani, con il riaprirsi del fiore gli insetti
possono volar via, e con essi il polline maturato, che viene così
trasportato su un altro fiore. Dal punto di vista faunistico, sull'Isola
di Serpentara risiedono le stesse specie presenti e già citate
nell'Isola dei Cavoli, quali il cormorano dal ciuffo, il gabbiano
reale, il gabbiano corso, la Berta maggiore e minore, l'Occhiocotto
a cui si aggiunge il Falco pellegrino presente da tantissimo tempo.
Il tratto di mare che comprende il settore ovest dell'Isola di Serpentara,
di fronte alla costa, ricade nella zona A di riserva integrale dell'Area
Marina Protetta, in essa sono vietati la navigazione, la sosta,
la balneazione e la pesca, sia professionale che sportiva. E' consentito
solo l'accesso per motivi scientifici e visite guidate. In questo
settore si sta effettuando il ripopolamento dell'aragosta rossa,
inoltre è opinione di molti, che la rarissima foca monaca,
stia tentando di ambientarsi nell'isola, del suo avvistamento ne
sembrerebbero testimoni alcuni turisti e pescatori della zona.
Il settore est dell'isola, invece, ricade nella zona B di riserva
generale, in essa è consentita la navigazione a bassa velocità
(max. 10 nodi), la pesca autorizzata, l'ancoraggio in appositi ormeggi,
la balneazione e le immersioni autorizzate.
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